A jáki templom alapítója a Ják nemzetségből származó Jáki Nagy Márton nemes, a környék gazdag földbirtokosa. A templom és a bencés kolostor alapításának ideje: 1214. Az építés 1256-ig tartott. Stílusa alapvetően román, de már megjelennek a gótikus elemek is. 1532-ben, a kőszegi ostromkor, a törökök a monostort és a templomot is megrongálták. 1562 után megszűnt a szerzetesi élet, a kolostornak ma már nyoma sincs. A 17. század közepén az épületet villámcsapás érte, és erősen megrongálta a templom déli részét. Három déli pillért és a főhajófal nagyobb részét újjá kellett építeni. Ez a hatalmas munka Folnay Ferenc apát nevéhez fűződik. A templom déli kertjébe vezető ún. Folnay-kapu is ekkor épült. Vaskapuját Pölöskei József készítette 1970-ben.1896-1904-ig tartott a templom történetében a második legjelentősebb helyreállítási munka (Magyarország ezeréves fennállásának emlékére). A munkát Schulek Frigyes és Gyalus László vezette. A következő fontosabb teendők: lebontották a déli hajó fölé emelt, Folnay idejében épített emeleti részt. Felfalazták a barokk korban nyitott ablakokat. A barokk oltárok helyett neoromán oltárokat emeltek. Megújították az áldoztató rácsot, a szószéket és az egykori kegyúri karzat mellvédjét. A szentélytől kiindulva a kórusig új boltozatot készítettek a főszentély mintájára, ugyanígy a déli hajóban is. A tornyokat is visszabontották a kórusmagasságig. Nagyon sok eredeti kőfaragványt múzeumi megőrzés végett kivettek. Ez a restaurálás az egész templomot érintette.